2013 EMBO Practical Course - Bioinformatics and statistics for large-scale data

Venue: BGI

Location: Shenzhen, China

Event Date/Time: Nov 17, 2013 End Date/Time: Nov 22, 2013
Abstract Submission Date: Sep 20, 2013
Report as Spam

Description

 

2013 EMBO Practical Course - Bioinformatics and statistics for large-scale data

 

17–22 November 2013 | Yantian District, Shenzhen, China

 

ABOUT THE PRACTICAL COURSE

 

This international advanced course will provide training on bioinformatics and statistics methods for genomic research. It will give insight into how biological knowledge can be generated from high-throughput sequencing (DNA-Seq, RNA-seq, ChIP-seq) experiments and will illustrate how to analyze such data. The course covers both the underlying statistical and algorithmic concepts, and the practice of how to automate and code such analyses using the scripting language R. 

 

The course will be a mix of lectures and hands-on training. Practicals will consist of computer exercises that will enable the participants to apply statistical methods to the analysis of data under the guidance of the lecturers and teaching assistants. The EMBO Practical course will also teach the basics of the R/Bioconductor environment for statistical-bioinformatic data analysis. 

 

The course is aimed at PhD students, postdocs and interested faculty. The teaching language will be English. Basic experience in computer programming (writing scripts) is required.

 

SPECIFIC TOPIC AREAS INCLUDE:

 

■DNA variant calling

■differential expression

■quality control

■statistical significance tests and multiple testing, pathway enrichment analyses

■clustering and classification (machine learning)

■working with genome annotation 

■using R and Bioconductor

 

 

PROGRAMME

 

Day one

 18:00 Arrival and Registration (Yolanda Zheng)

 19:00 Welcome Dinner & Poster Session

 

Day two

  8:40 Registration (Yolanda Zheng)

  8:50 Introduction (W. Huber, Doris Yang, Yolanda Zheng)

  9:00 Lecture: RNA-Seq, ChiP-Seq, DNA-Seq intro: what are the data analytic challenges? (G. Rustici, W. Huber)

 10:00 Coffee Break

 10:30 Lecture: Introduction to R and Bioconductor (M. Morgan)

 11:30 Tutorial: Working with sequence data, part I  (M. Morgan, W. Huber, G. Rustici)

 12:30 Lunch

 14:00 Practical Session: Working with sequence data. part II (M. Morgan W. Huber, G. Rustici)

 16:00 Practical Session: Important concepts and idioms of the R language (Gang Chen)

 17:15 Wrap-up, Question and answers

 17:30 Tour of BGI

 18:30 Dinner & Back to hotel

 

Day three

  9:00 Lecture: RNA-Seq & differential expression part I (W. Huber)

 10:00 Coffee Break

 10:30 Lecture: ChIP-Seq (G. Rustici)

 11:30 Lecture: Leveraging Annotation and Data Integration (M. Morgan)

 12:30 Lunch

 14:00 Practical Session: Differential expression with DESeq and DEXSeq

 16:45 Wrap-up, Question and answers

 17:00 Poster Session 

 18:30 Dinner & Back to hotel

 

Day four

 09:00 Lecture: Ranges-based computations (M. Morgan)

 10:00 Coffee Break

 10:30 Lecture: Elements of Statistics: t-test and linear model (W. Huber)

 11:30 Lecture: TBC (G. Rustici)

 12:30 Lunch

 14:00 Practical Session: ChIP-Seq, Ranges, Annotation

 16:45 Wrap-up, Question and answers

 17:00 Flashlight talks by participants (4 x 7 min)

 17:30 Dinner & Back to hotel

 

Day five

 09:00 Lecture: RNA-Seq & differential expression part II (W. Huber)

 10:00 Coffee Break

 10:30 Lecture: TBC (provisional title: Gene set enrichment methods; M. Morgan)

 11:30 Lecture: TBC (provisional title: Pathway analyses; G. Rustici)

 12:30 Lunch

 14:00 Lecture: DNA-variant calling (including plant and animal; Xin Liu)

 15:00 Coffee Break

 15:30 Practical Session: DNA-variant calling (Xin Liu)

 16:45 Wrap-up, Question and answers

 17:00 Flashlight talks by participants (4 x 7 min)

 17:30 Dinner & Back to hotel

 

Day six

 09:00 Lecture: High-Quality Data Visualisation (Huber/Rustici)

 10:00 Coffee Break

 10:30 Lecture: TBC (provisional title: Methods for reproducible research; M. Morgan)

 11:30 Lecture: Basics of Machine Learning (Gang Chen)

 12:30 Lunch

 14:00 Practical Session: Machine Learning (Gang Chen)

 17:00 Wrap and Departure

 

REGISTRATION 

 

Registration Fee: 

 

Academic: € 400 / RMB 3400 / $520

Students: € 300 / RMB 2550 / $390

Industry: € 500 / RMB 4250 / $650

 

Register by: 20 September 2013

 

INTERESTED IN ATTENDING? VISIT THE FOLLOWING WEBSITE FOR MORE DETAILS AND APPLY ONLINE.

http://events.embo.org/13-large-scale-data  

 

 

CONTACT INFORMATION

Yolanda Zheng

External Training Department, BGI College

Tel :+86 -755-25273851

Email: training@service.genomics.cn

Address: BGI-Shenzhen, Beishan Industrial Zone, Yantian District, Shenzhen, 518083, China. 

 

Venue

BGI
Building No.11, Beishan Industrial Zone, Yantian District, Shenzhen, China
Shenzhen
China
MORE INFO ON THIS VENUE